Dążenie do przywrócenia jedności chrześcijan było jednym z priorytetów pontyfikatu św. Jana Pawła II. W encyklice o działalności ekumenicznej podpisanej 25 maja 1995 roku, Papież napisał: Pod hasłem „Pojednanie – miłość Chrystusa przynagla nas” (por. 2 Kor 5,14–20) przebiega rozpoczęty 18 stycznia Tydzień Modlitw o Jedność Chrześcijan. Dążenie do przywrócenia jedności chrześcijan było jednym z priorytetów pontyfikatu św. Jana Pawła II.
W encyklice o działalności ekumenicznej podpisanej 25 maja 1995 roku Papież napisał: „Wierzyć w Chrystusa znaczy pragnąć jedności; pragnąć jedności znaczy pragnąć Kościoła”. Jan Paweł II jako pierwszy papież w historii przekroczył próg świątyni anglikańskiej i luterańskiej. Często przyjmował przedstawicieli różnych wyznań, okazując im niezwykłą życzliwość i stwarzając braterską atmosferę. Spotkania ekumeniczne należały do stałych punktów programu papieskich pielgrzymek po świecie. Już w drugim roku pontyfikatu Ojciec Święty odwiedził honorowego zwierzchnika prawosławia Dymitrosa I, trzy lata później był w Canterbury u prymasa anglikańskiego Roberta Runciego, a w 1984 roku gościł w siedzibie Światowej Rady Kościołów w Genewie. Po 20 latach pontyfikatu Jan Paweł II przybył do Rumunii, pierwszego kraju o większości prawosławnej. Odbył ekumeniczne pielgrzymki do Grecji, na Ukrainę, do Gruzji i Bułgarii. Owocem papieskiej troski o jedność były wspólne deklaracje i dokumenty, których celem było zbliżenie podzielonych chrześcijan. Wśród nich – pierwsza encyklika poświęcona w całości ekumenizmowi: Ut unum sint.
18 stycznia jubileuszowego roku 2000 w Bazylice św. Pawła za Murami miała miejsce wyjątkowa ekumeniczna uroczystość inaugurująca doroczny Tydzień Modlitw o Jedność Chrześcijan. Nabożeństwo zgromadziło przedstawicieli 22 Kościołów i Wspólnot kościelnych, którzy wraz z Papieżem modlili się przy grobie Apostoła Narodów o zjednoczenie podzielonych uczniów Chrystusa. Wyjątkowość chwili podkreślały dwa precedensy: po raz pierwszy Drzwi Święte w Bazylice św. Pawła otworzył Papież osobiście (poprzednio czynili to zawsze papiescy legaci) i po raz pierwszy towarzyszyli mu w tym dwaj przedstawiciele innych Kościołów: prawosławnego i anglikańskiego.
Kilka miesięcy przed odejściem do Domu Ojca dziękował Bogu za to, że „działalność ekumeniczna na różnych poziomach coraz bardziej się rozwija dzięki stałym kontaktom, spotkaniom i inicjatywom podejmowanym wraz z naszymi braćmi z różnych Kościołów i Wspólnot kościelnych prawosławnych i protestanckich”.
Papież Jan Paweł II nieustannie podkreślał, że ekumenizm jest zadaniem każdego bez wyjątku chrześcijanina, gdyż podzielone chrześcijaństwo jest zgorszeniem dla świata, a przy tym szkodzi najświętszej sprawie przepowiadania Ewangelii.
Stąd nasze zaangażowanie na rzecz jedności jest nieodwołalne: „Droga ekumenii – przypomniał Ojciec Święty – nie jest drogą łatwą. Perspektywa pełnej widzialnej komunii może czasem być źródłem dotkliwych zjawisk oraz reakcji ze strony tych, którzy pragną za wszelką cenę przyspieszyć proces jednoczenia lub też tych, których zniechęca długa droga, jaką mamy jeszcze do przejścia. My w szkole ekumenizmu uczymy się przeżywać ten okres przejściowy z pokorą i ufnością, zachowując świadomość, że jest to proces nieodwracalny”.
Co roku pod koniec stycznia w ramach Tygodnia Modlitw o Jedność Chrześcijan w Sanktuarium św. Jana Pawła II odbywa się centralne nabożeństwo ekumeniczne. W nabożeństwie bierze udział metropolita krakowski oraz zwierzchnicy Kościołów chrześcijańskich w Krakowie.
