Historia Sanktuarium św. Jana Pawła II jest nierozerwalnie związana z życiem Karola Wojtyły oraz pamięcią o jego pontyfikacie. Powstało ono na krakowskich Białych Morzach – na terenie dawnych Zakładów Sodowych Solvay, gdzie w latach 1940 -1944 pracował młody Karol Wojtyła. To właśnie tutaj, w czasie okupacji, dojrzewało jego powołanie oraz kształtowała się duchowość, która później wywarła wpływ na cały Kościół.
Po śmierci św. Jana Pawła II zrodziła się idea stworzenia miejsca, które będzie nie tylko trwałą pamiątką jego życia i pontyfikatu, ale przede wszystkim żywym sanktuarium modlitwy i pielgrzymowania. Inicjatorem budowy Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” był metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz. Zespół budynków Centrum zaprojektował krakowski architekt Andrzej Mikulski, tworząc przestrzeń harmonijnie łączącą współczesną architekturę z bogatą symboliką chrześcijańską. Kamień węgielny pod przyszłe Centrum pobłogosławił papież Benedykt XVI podczas swojej pielgrzymki do Polski w 2006 roku, a budowę rozpoczęto jesienią 2008 roku. Powstanie Sanktuarium było możliwe dzięki zaangażowaniu wielu osób i instytucji, w tym władz kościelnych, państwowych i samorządowych, darczyńców oraz wszystkich, którzy wsparli realizację tego wyjątkowego dzieła.
11 czerwca 2011 roku, po beatyfikacji Jana Pawła II, kardynał Stanisław Dziwisz erygował Sanktuarium bł. Jana Pawła II. Tego dnia uroczyście wprowadzono relikwie Papieża, rozpoczynając oficjalny kult w tym miejscu. Pierwszym kustoszem Sanktuarium został ks. prałat Jan Kabziński.
W kolejnych latach Sanktuarium wzbogacało się o bezcenne pamiątki związane ze św. Janem Pawłem II. Najcenniejszą z nich są relikwie krwi Papieża, umieszczone w ołtarzu Kaplicy Relikwii. Do Sanktuarium trafiły również papieski krzyż pastoralny, ornat i mitra, płyta z grobu św. Jana Pawła II z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra oraz sutanna naznaczona krwią z zamachu z 13 maja 1981 roku – jedna z najważniejszych relikwii związanych z Papieżem Polakiem.
23 czerwca 2013 roku kardynał Stanisław Dziwisz poświęcił Kościół Górny, którego wnętrze zdobią monumentalne mozaiki wykonane przez artystów Centro Aletti z Rzymu. Ich bogata symbolika teologiczna sprawia, że architektura i sztuka tworzą spójną przestrzeń modlitwy i kontemplacji.
16 października 2016 roku, w 38. rocznicę wyboru kardynała Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową, Sanktuarium zostało uroczyście konsekrowane przez kardynała Stanisława Dziwisza w obecności licznych biskupów, kapłanów, pielgrzymów oraz przedstawicieli władz państwowych i samorządowych z Polski i zagranicy.
27 kwietnia 2014 roku Jan Paweł II został ogłoszony świętym Kościoła katolickiego, a Sanktuarium na Białych Morzach stało się jednym z najważniejszych miejsc kultu św. Jana Pawła II na świecie. Każdego roku przybywają tutaj pielgrzymi z Polski i wielu krajów, aby modlić się przy jego relikwiach, uczestniczyć w liturgii i odkrywać duchowe dziedzictwo Papieża Polaka.
Od 2020 roku posługę kustosza Sanktuarium pełni ks. Tomasz Szopa. Dziś Sanktuarium św. Jana Pawła II jest nie tylko miejscem pamięci o wielkim Papieżu, ale przede wszystkim żywą przestrzenią modlitwy, spotkania z Bogiem i umacniania wiary.
Historia tego miejsca wciąż się pisze. Tworzą ją każdego dnia pielgrzymi z całego świata, którzy przybywają tutaj z wdzięcznością, nadzieją i modlitwą, powierzając swoje życie Bogu przez wstawiennictwo św. Jana Pawła II.
Jako szczególne miejsce kultu, istnieje możliwość uzyskania odpustu zupełnego w dniu liturgicznego wspomnienia św. Jana Pawła II – 22 października – jak również raz w roku podczas pielgrzymki do tego miejsca, zgodnie z kościelnymi wymogami pod zwykłymi warunkami.
