Sanktuarium św. Jana Pawła II to pierwsza w Krakowie świątynia poświęcona Papieżowi Polakowi, zbudowana dla uczczenia jego osoby i pontyfikatu.

Sanktuarium jest częścią Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” usytuowanego na tzw. „Białych Morzach” w Krakowie, na obszarze dawnych Zakładów Sodowych Solvay, w których przez cztery lata (1940 – 1944) pracował młody Karol Wojtyła.

18 maja 2007 roku miało miejsce uroczyste poświęcenie placu pod budowę Centrum oraz krzyża wykonanego z elementów konstrukcyjnych ołtarza, które pozostały po ostatniej podróży apostolskiej Ojca Świętego Jana Pawła II do Ojczyzny (16 – 19 sierpnia 2002 roku).

Budowa Centrum „Nie lękajcie się!” została rozpoczęta jesienią 2008 roku, w przededniu obchodów 30-tej rocznicy wyboru kard. Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową.

Głównym inicjatorem i pomysłodawcą tego przedsięwzięcia był metropolita krakowski ks. kard. Stanisław Dziwisz.

Inwestycja obejmuje realizacje zespołu budynków papieskiego Centrum, zaprojektowanych przez krakowskiego architekta inż. Andrzeja Mikulskiego.

Kamień węgielny pod przyszłe Centrum pobłogosławił papież Benedykt XVI podczas spotkania z młodzieżą na Błoniach 27 maja 2006 roku. Uroczystość jego wmurowania w ścianę kościoła odbyła się 23 października 2010 roku.

W 2009 roku Benedykt XVI zatwierdził dekret o uznaniu heroiczności cnót Jana Pawła II. Decyzja o beatyfikacji – 1 maja 2011 roku – została ogłoszona w Rzymie w styczniu tego roku w obecności pielgrzymów z Polski i z całego świata.

Liturgiczne wspomnienie Jana Pawła II wyznaczono na dzień 22 października.

W Sanktuarium na „Białych Morzach” obchodzony jest w tym dniu odpust ku czci Papieża Polaka.

11 czerwca 2011 roku, po beatyfikacji, na mocy dekretu ks. kard. Stanisława Dziwisza zostało erygowane Sanktuarium bł. Jana Pawła II w Krakowie. W tym dniu miało miejsce uroczyste wprowadzenie relikwii Ojca Świętego.

Pierwszym kustoszem został ustanowiony Prezes Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”, wikariusz biskupi ks. prałat Jan Kabziński. Następnie tę posługę pełnił ks.kan. Mateusz Hosaja. A od 2020 roku urząd kustosza sprawuje ks. Tomasz Szopa.

23 czerwca 2013 roku ks. kard. Stanisław Dziwisz, w obecności Episkopatu Polski, dokonał obrzędu poświęcenia Kościoła Górnego, dedykowanego Janowi Pawłowi II.

27 kwietnia 2014 roku Jan Paweł II został wliczony w poczet świętych.

Czynione są starania, aby Sanktuarium na Białych Morzach zostało podniesione do rangi bazyliki.

Górna część świątyni, która jest centralnym miejscem Sanktuarium, powstała na planie oktagonu. Zastosowane przy budowie kościoła rozwiązania zbliżają go do stylu architektury bizantyńskiej kościołów Rawenny. W wykończeniach wnętrza dominuje kamień oraz beton architektoniczny. W ołtarzu głównym i na bocznych ścianach znajduje się dekoracja mozaikowa – dzieło o. Marko Ivana Rubnika SJ – uznanego w świecie artysty słoweńskiego pochodzenia, twórcy mozaik m.in. w krypcie nowego kościoła w San Giovanni Rotondo we Włoszech. Do świątyni prowadzą odlane z brązu drzwi przedstawiające postać Jana Pawła II, któremu towarzyszą święci i błogosławieni wyniesieni do chwały ołtarzy przez Papieża Polaka. Wśród nich są m.in. św. s. Faustyna, św. brat Albert Chmielewski, św. Joanna Beretta Molla, bł. ks. Jerzy Popiełuszko oraz Sługa Boży Jerzy Ciesielski.

W Kościele Dolnym, w szklanej szkatule wewnątrz marmurowego ołtarza pośrodku Kościoła Relikwii został złożony relikwiarz z krwią Ojca Świętego. Na posadzce z tureckiego i hiszpańskiego marmuru umieszczono herby Jana Pawła II, Benedykta XVI i ks. kard. Stanisława Dziwisza. Ściany zdobią obrazy przedstawiające papieskie wizyty w sanktuariach maryjnych na całym świecie . Sklepienie z belek ułożonych w formie ośmioramiennej gwiazdy nawiązuje do postaci Matki Bożej – Stella Maris.

W Kościele Dolnym znajdują się kaplice, spośród których największą jest Kaplica Kapłańska zaprojektowana na wzór wawelskiej krypty św. Leonarda. Została w niej umieszczona płyta z grobu Jana Pawła II, pochodząca z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Rzymie, na której znajduje się relikwiarz w formie otwartego ewangeliarza. W tym miejscu eksponowany jest papieski krzyż pastoralny, ornat i mitra.

Oratoria otaczające Kościół Relikwii związane są z kultem maryjnym Jana Pawła II: oratorium Matki Bożej Piekarskiej, oratorium Matki Bożej Salus Populi Romani, oratorium Matki Bożej Ludźmierskiej, oratorium Matki Bożej z Loretto.

Wyjątkowy charakter ma kaplica św. Kingi, ufundowana przez Kopalnię Soli w Wieliczce. W jej centralnej części znajduje się wykonana z soli figura świętej, zaś ściany zdobią solne płaskorzeźby przedstawiające sceny z Ewangelii. W Sanktuarium powstała także kaplica poświęcona św. Królowej Jadwidze oraz kaplica św. Jakuba.

W otoczeniu Kościoła Relikwii usytuowana jest Kaplica Pojednania – miejsce spowiedzi świętej oraz krypty grobowe, w których w kamiennych sarkofagach spoczywają zmarli kardynałowie, przyjaciele św. Jana Pawła II: kard. Andrzej Maria Deskur (zmarł w 2011 roku) oraz kard. Stanisław Nagy (zmarł w 2013 roku).

Jako szczególne miejsce kultu, istnieje możliwość uzyskana odpustu zupełnego w dniu liturgicznego wspomnienia św. Jana Pawła II– 22 października – jak również raz w roku podczas pielgrzymki do tego miejsca, zgodnie z kościelnymi wymogami pod zwykłymi warunkami.