11 czerwca 2011 r. ks. kard. Stanisław Dziwisz uroczyście erygował Sanktuarium bł. Jana Pawła II powstające w ramach Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” na tzw. „Białych Morzach” w Krakowie.
Tego dnia rozpoczął się oficjalny kult Jana Pawła II w tym miejscu. Pierwszym Kustoszem Sanktuarium został ustanowiony Prezes Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”, Wikariusz Biskupi Ksiądz Prałat Jan Kabziński.
Po beatyfikacji, do Sanktuarium zostały ofiarowane relikwie Jana Pawła II. Najcenniejszą z nich jest krew, którą lekarze z kliniki Gemelli we Włoszech przekazali osobistemu sekretarzowi Papieża kard. Stanisławowi Dziwiszowi. Ampułka z krwią Papieża, zamknięta w szklanej szkatule, została umieszczona wewnątrz marmurowego ołtarza stojącego pośrodku ośmiobocznego Kościoła Relikwii. Z Rzymu dotarł również papieski krzyż pastoralny, ornat wraz z mitrą oraz krzyż przed którym modlił się Jan Paweł II w swojej prywatnej kaplicy w czasie ostatniej za życia drogi krzyżowej w rzymskim Coloseum w 2005 r.
W Sanktuarium wierni mogą zobaczyć płytę z grobu Jana Pawła II pochodzącą z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Rzymie. Płyta znajduje się w Kaplicy Kapłańskiej zaprojektowanej na wzór krypty św. Leonarda na Wawelu, w której ks. Karol Wojtyła odprawił swoją prymicyjną Mszę św. Na płycie umieszczony jest relikwiarz wykonany na wzór otwartego Ewangeliarza, którego strony przewracał wiatr w czasie pogrzebu Papieża.
23 czerwca 2013 roku, w obecności Episkopatu Polski, ks. kard. Stanisław Dziwisz uroczyście poświęcił górną część świątyni. Wnętrze kościoła ozdobiły mozaiki.
W dniu 34. rocznicy zamachu na życie Ojca Świętego Jana Pawła II, Jego osobisty sekretarz kard. Stanisław Dziwisz przekazał do Sanktuarium bezcenną relikwię. Jest to naznaczona krwią sutanna, w którą święty Jan Paweł II ubrany był 13 maja 1981 r. W tym dniu podczas audiencji generalnej na Placu św. Piotra zamachowiec Mehmed Ali Agca próbował zabić papieża. Obecnie bezcenna relikwia znajduje się w szklanej gablocie w Kościele Górnym.
16 października 2016 r, w 38. rocznicę wyboru kard. Karoly Wojtyły na Stolicę św. Piotra, a także w dniu, w którym w Polsce obchodzi się święto państwowe ustanowione przez Sejm RP i dedykowane świętemu papieżowi, kościół św. Jana Pawła II został uroczyście poświęcony i oddany w opiekę wszechmogącemu Bogu.
Uroczystości przewodniczył Metropolita Krakowski kard. Stanisław Dziwisz przy koncelebrze wielu biskupów i kapłanów z Polski i zagranicy. We Mszy św. wzięła udział Prezes Rady Ministrów – Pani Premier Beata Szydło, Minister w Kancelarii Premiera – Beata Kempa, Minister infrastruktury i budownictwa Andrzej Adamczyk, Prezydent Miasta Krakowa, Wojewoda małopolski i wielu parlamentarzystów, przedstawicieli magistratu i województwa.