Droga Neokatechumenalna jest narzędziem służącym do ponownego odkrywania chrześcijańskiego wtajemniczenia dorosłych już ochrzczonych. Służy ono m.in. tym, którzy oddalili się od Kościoła, którzy nie byli wystarczająco ewangelizowani i katechizowani oraz tym, którzy pragną pogłębiać swoją wiarę i prowadzić ją ku dojrzałości.
Św. Jan Paweł II gorąco popierał tę formę przeżywania sakramentu Chrztu św.: Uznaję Drogę Neokatechumenalną za itinerarium [drogę, szlak] formacji katolickiej ważnej dla społeczeństwa i czasów dzisiejszych (List Ogniqualvolta, 30 sierpnia 1990).
Droga Neokatechumenalna zrodziła się w latach sześćdziesiątych XX w. (czyli w okresie prac II Soboru Watykańskiego) w Madrycie. Jej inicjatorami są Kiko Argüello i Carmen Hernandez, którzy głosili ewangelię o miłości Jezusa Chrystusa wśród ludzi najuboższych.
Aktualnie neokatechumenat zaangażowany jest w Kościele w różne formy ewangelizacji i życie liturgiczne.
Wspólnoty neokatechumenalne są obecne w ponad 120 krajach świata. Z błogosławieństwem Jana Pawła II powstało również ponad 100 diecezjalnych seminariów misyjnych Redemptoris Mater (w tym jedno także w Warszawie), przygotowujących młodych mężczyzn do kapłaństwa.
W Polsce istnieje obecnie ponad tysiąc wspólnot neokatechumenalnych, a w Krakowie około 50. Pierwsza z nich powstała w 1976 roku. Przypomniał to ks. kardynał Stanisław Dziwisz 7 grudnia 2016 r. podczas uroczystej Eucharystii celebrowanej w naszym sanktuarium z okazji 40-lecia Drogi Neokatechumenalnej w Krakowie: Przed laty Duch Święty natchnął młodych, by poszli za tym charyzmatem, a ja dziękuję dziś Bogu, że jesteście obecni w Kościele, bo ta wasza obecności jest potrzebna rodzinom, kapłanom, biskupom. (…) Kard. Karol Wojtyła wspierał was z wielką życzliwością, a dziś cieszy się, że w Jego domu świętujecie swój jubileusz – dodał metropolita krakowski.
W naszym sanktuarium wspólnoty neokatechumenalne są obecne od października 2010 roku. Aktualnie istnieją tam cztery wspólnoty, gromadzące się regularnie na liturgiach Słowa Bożego i Eucharystii. Zrodziły się w nich i ukształtowały konkretne powołania – do kapłaństwa, życia zakonnego, małżeństwa oraz misji ewangelizacyjnej. Wiele rodzin uczestniczących w życiu wspólnot to rodziny wielodzietne.
Co roku w Sanktuarium Św. Jana Pawła II, podobnie jak w innych kościołach krakowskich, głoszone są katechezy, po których otwiera się możliwość kontynuowania wspomnianego doświadczenia dla wszystkich chętnych, w kolejnej, nowej wspólnocie.
